Η ιστορια του νησιου

Νεολιθική εποχή
Οι αρχαιότερες ανακαλύψεις στη Νάξο ανάγονται στη νεολιθική εποχή γύρω στη 5η χιλιετία π.Χ. όπως αποδεικνύουν οι ανασκαφές στη περιοχή Γκρόττα, βόρεια πλευρά της πόλης της Νάξου, καθώς και στο σπήλαιο Ζας παρά το χωριό Φιλότι στο ομώνυμο όρος. Σύμφωνα μ΄ αυτές ο πρωτοκυκλαδικός πολτισμός ήταν ήδη ανεπτυγμένος την περίοδο εκείνη, που φαίνεται να ξεκίνησε το 5500 π.Χ. και άνθησε το 3000 π.Χ..

Εποχη του χαλκου
Η Πορτάρα, η γιγαντιαία πύλη του ναού που ήταν αφιερωμένος στον θεό Απόλλωνα και που ποτέ δεν ολοκληρώθηκε.
Η Νάξος έπαιξε σημαντικό ρόλο στον κυκλαδικό πολιτισμό, Μεταξύ των σημαντικών αλλαγών που προέκυψαν εκείνη την εποχή ήταν η εξέλιξη της ναυσιπλοΐας (εξ ανάγκης), η κατασκευή και χρήση του χαλκού, η κεραμική και η επεξεργασία μαρμάρων. Στην περιοχή Γρότα στη χώρα της Νάξου αλλά και σε άλλες τοποθεσίες στο νησί έχουν βρεθεί πολλά κυκλαδικά ειδώλια καθώς και άλλα ευρήματα της περιόδου του κυκλαδικού πολιτισμού (σκεύη, εγχάρακτες παραστάσεις), τα οποία εκτίθενται στο Αρχαιολογικό μουσείο Νάξου, στο Μουσείο Κυκλαδικής Τέχνης στην Αθήνα καθώς επίσης και ένας μικρός αριθμός αυτών στο αρχαιολογικό μουσείο στην Απείρανθο. Το αρχαιολογικό μουσείο της Νάξου διαθετει τη δεύτερη μεγαλύτερη συλλογή σε κυκλαδικά ευρήματα μετά το αρχαιολογικό μουσείο της Αθήνας.
Μυκηναϊκά χρόνια
Ένα μέρος της πρωτεύουσας της Νάξου στη μυκηναϊκή εποχή (1300 π.Χ.) ανακαλύφθηκε κάτω από την πλατεία, μπροστά από τον Ορθόδοξο καθεδρικό Ναό, στη Χώρα, εκεί όπου είναι σήμερα ο αρχαιολογικός χώρος Γκρότα. Ακριβώς κάτω από την πλατεία έχει διαμορφωθεί επιτόπιο μουσείο. Το μουσείο έχει γυάλινο δάπεδο και με υπερυψωμένους διαδρόμους, οι επισκέπτες διέχονται πάνω από τα αποκαλυφθέντα ερείπεια (τείχος, σπίτια και εργαστήρια) της μυκηναϊκής περιόδου (1400 - 1100 π.Χ.). Μυκηναϊκής εποχής ευρήματα (διακοσμημένα με χρώμα, αγγεία, όπλα, σκεύη κλπ.) εκτίθενται επίσης στο αρχαιολογικό μουσείο της Νάξου.
Κλασική αρχαιότητα

Κατά τη διάρκεια των επόμενων χρόνων η Νάξος κατοικήθηκε από τους Ίωνες, που σηματοδότησαν μια ιδιαίτερα σημαντική περίοδο για το νησί, κατά την οποία ξεκινάει και φτάνει στην κορύφωσή της η κλασική περίοδος (7ος-6ος αιώνας π.Χ.), με παράλληλη άνθηση των τεχνών, και ειδικά της γλυπτικής και της αρχιτεκτονικής. Η Πορτάρα, η μεγάλη μαρμάρινη πύλη που στέκεται ψηλά στη νησίδα Παλάτια, που σήμερα είναι ενωμένη με τη Χώρα της Νάξου, είναι ό,τι απέμεινε από το ναό του Απόλλωνα, που ξεκίνησε να χτίζεται εκείνη την περίοδο.Το 490 π.Χ. η Νάξος καταστράφηκε από τους Πέρσες. Μετά από την τελική ήττα των Περσών από τους Έλληνες, η Νάξος εξαναγκάστηκε να γίνει μέλος της Αθηναϊκής Συμμαχίας, αφού προηγουμένως καταστράφηκε (ό,τι είχε απομείνει από την προηγούμενη καταστροφή) και πυρπολήθηκε από τον αθηναϊκό στόλο (466 π.Χ.), ενώ ο Περικλής εγκαθίδρυσε φρουρά εκ 500 κληρούχων υπό το στρατηγό Τολμίδη (453 π.Χ.) προκειμένου να την αφαιμάζει οικονομικά προς όφελος της Αθηναϊκής Δημοκρατίας. Μετά το τέλος της Αθηναϊκής Δημοκρατίας, ύστερα από περίπου ενάμιση αιώνα, η Νάξος υπήρξε έρμαιη των εκάστοτε θαλασοκρατούντων και ουσιαστικά δεν κατάφερε ποτέ να ανακάμψει και να ξανακερδίσει την παλιά της δόξα και σημασία.
Από την εποχή εκείνη σώζεται το ιερό της Δήμητρας κοντά στο χωριό Σαγκρί, το οποίο έχει εν μέρει αναστηλωθεί. Ο ναός θεωρείται πολύ σημαντικός για την αρχαιολογία, επειδή έχει σωθεί σε καλή κατάσταση και δίνει πολλές πληροφορίες για τον τρόπο κατσκευής και την αρχιτεκτονική των αρχαίων ναών. Κοντά της έχει ανεγερθεί μουσείο, στο οποίο εκτίθενται ευρήματα από τον ναό που δε χρησιμοποιήθηκαν κατά την αναστήλωση καθώς και τα ευρήματα από την μετέπειτα επί του ναού ανεγερθείσα παλαιοχριστιανική βασιλική. Το μουσείο και ο αρχαιολογικός χώρος έχουν βραβευθεί με το βραβείο Europa Nostra για την ευαίσθητη ανασκαφή, την αναστήλωση και την επιτυχημένη ενσωμάτωσή τους στο φυσικό περιβάλλον
Από την αρχαιότητα οι αρχαίοι συγγραφείς επαινούσαν τα προϊόντα της Νάξου όπως τον οίνο, τα σύκα, τ΄ αμύγδαλα, τις αίγες και τα ελάφια που υπήρχαν τότε στη νήσο. Συγκεκριμένα περί του οίνου της Νάξου ιδιαίτερους επαίνους αποδίδουν οι Αρχίλοχος και ο Αθήναιος, άλλοι επίσης συγγραφείς κάνουν λόγο για τον μυθικό ποταμό (Βιβλίνου) που έρεε οίνο. Πολλά επίσης μυθικά για τη Νάξο γράφουν ο Παυσανίας και ο Διόδωρος ο Σικελιώτης και κυρίως για τις σχέσεις των αρχαίων Ναξίων με τη Θράκη. Περί της πολιτείας των Ναξίων έγραψε ιδιαίτερα και ο Αριστοτέλης, ο δε Πλούταρχος στο έργο του "Γυναικών αρεταί" εξυμνεί ιδιαίτερα τις Ναξιώτισσες για τη φιλοπατρία τους και τις αρετές τους. Τέλος, ακόμη και ερωτικό μυθιστόρημα έγραψε ο Παρθένιος που αναφέρεται στη Νάξο. Η αρχαία πόλη της Νάξου βρίσκονταν στη θέση της σημερινής κοντά στην οποία και υπήρχε λαμπρός ναός του Διονύσου. Πολλοί είναι εκείνοι που θεωρούν αυτόν τα σωζόμενα ερείπια επί της νησίδας Παλάτια.
Βυζαντινά χρόνια

Ιστιοφόρο και δυο φελούκες μπροστά στο Κάστρο της Νάξου, χαλκογραφία του Andre Grasset Saint-Sauver από το βιβλίο "Voyage historique...", Παρίσι 18ος αι. (χάραξη: Brion)
Η Νάξος ανήκε κατά τους βυζαντινούς χρόνους στο Θέμα (Βυζάντιο) του Αιγαίου. Στη Νάξο βρίσκονται πολλές βυζαντινές εκκλησίες. Η κοιλάδα της Τραγαίας ονομάζεται και "μικρός Μυστράς" λόγω των πολλών εκκληισών που είναι σπαρμένες παντού. Υπάρχουν εκκλησίες που χρονολογούνται από τον 7ο έως το 15ο αι. Πιο γνωστή είναι η Παναγία η Δροσιανή, η οποία διέθετε 3 στρώσεις τοιχογραφιών με την παλαιότερη να ανάγεται στον 7ο αιώνα. Κάποιες από αυτές τις εκκλησίες χτίστηκαν κατά την περίοδο της Εικονομαχίας και φέρουν τοιχογραφίες με "ανεικονικό διάκοσμο", τοιχογραφίες δηλαδή που δεν απεικονίζουν αγίους, αλλά γεωμετρικά σχήματα και φυτά. Τα τελευταία χρόνια οι διάσπαρτες αυτές εκκλησίες είναι ανοικτές τα πρωινά και μπορεί κανείς να τις επισκεφτεί.
Ενετοκρατία
Το 1207 το νησί κατελήφθη από τον Ενετό Μάρκο Σανούδο, ο οποίος ίδρυσε το Δουκάτο της Νάξου.